Das Abwasser des Marktes Markt Indersdorf gelangt über ca. 69 km Kanalnetz und 23 Pumpwerke an die Zentralkläranlage Markt Indersdorf sowie die Kläranlage in Niederroth. Das Kanalnetz wird bei größeren Regenereignissen über mehrere Regenüberläufe und Regenrückhaltebecken entlastet. Fäkalschlamm aus kleineren Ortschaften bzw. Anwesen ohne Kanalnetz wird auch auf der Kläranlage Markt Indersdorf behandelt.
Wartung und Pflege der gemeindlichen Abwasseranlagen, Steuern von Prozessabläufen und Durchführung von Labormessungen gehören zu den Aufgaben des vierköpfigen Kläranlagenpersonals. Dadurch wird sichergestellt, dass die vom Gesetzgeber vorgeschriebenen Grenzwerte eingehalten werden. Der bei der Reinigung anfallende Klärschlamm wird entwässert und zur Verwertung in eine Kompostieranlage gefahren.
