Das Gebiet des heutigen Marktes ist seit tausenden von Jahren von Menschen bewohnt. Den Kelten folgten um die Zeitwende für rund 400 Jahre die Römer und diesen die Bajuwaren. Grabhügel aus vorgeschichtlicher Zeit, die Keltenschanze bei Arnzell, die Römerstraße im Fuchsbüchler-Wald und weitere Bodendenkmäler sind das Werk dieser Menschen.
Erstmals urkundlich erwähnt sind Langenpettenbach im Jahre 773, Glonn 774, Ried 784, Westerholzhausen 800 und Niederroth 849. Das erste schriftliche Zeugnis über den Zentralort Markt Indersdorf entstand zwischen 972 und 976. Kloster Indersdorf trat erst um 1100 in die Geschichte ein.
Im 10. Jahrhundert bestand der Ort Indersdorf, heute Markt Indersdorf, aus einer Kirche, einigen Meierhöfen und der dazu gehörigen Grundausstattung. Im Friedhof bei der Marktkirche sind aber Bestattungen aus karolingischer Zeit nachgewiesen. Das Geschlecht der Edelfreien von Indersdorf wird wiederholt genannt. Ab der Gründung des Augustiner-Chorherrenstifts südlich der Glonn gehört der Ort stets zum Kloster. Es prägte das Schicksal des weiten Um-kreises und hatte zeitweise bayernweite Bedeutung.